إن الهدف الرئيسي من المدارس صديقة البيئة هو غرس الوعي بالقضايا البيئية لدى التلاميذ والمعلمين وأولياء الأمور وتعويدهم على التعامل معها بجدية في حياتهم، وتقوية الشعور بالمسؤولية والانتماء للمجتمع الذي يعيشون فيه، وضرورة حمايته والحفاظ عليه من كل ما يتهدده من مخاطر وتحديات قادمة وفي مقدمتها التحديات البيئية، وغرس روح المواطنة البيئية والمشاركة والعمل الجماعي لدى التلاميذ، وتزويدهم بالمهارات المختلفة التي تمكن كل منهم من التعامل مع التحديات البيئية بإيجابية وبوعي مسؤول، بما ينعكس بصورة إيجابية على البيئة المحلية والعالمية.
ولا يقتصر دور المدارس صديقة البيئة على مجرد توعية التلاميذ بقضايا ومشكلات البيئة وسبل التعامل معها، أو تنمية مهاراتهم البيئية، ولكنها بمثابة محاولة لخلق نموذج عملي مصغر لنمط الحياة أو لما ينبغي أن يكون عليه المجتمع بأسره.