Mendeley : découvrir un outil de partage de références bibliographiques

Mendeley : connaître et
utiliser un logiciel de partage de
références bibliographiques
Urfist de Lyon 6 octobre 2011

Alain Marois – Bibliothèque de l'École Centrale de Lyon
alain.marois@ec-lyon.fr / www.twitter.com/amarois

Plan
● Les logiciels de gestion de références
bibliographiques
● Installation de Mendeley
● Gérer sa bibliothèque de références
● Citer en utilisant ses références
● Partager, collaborer, gérer son identité numérique
● Consulter ses références en situation de mobilité
● Usages avancés

Les logiciels de gestion de références
bibliographiques...et Mendeley

Trop de références bibliographiques

© jorge cham, sur une idée originale de Valentin Vivier

Mendeley, gestion de références 2.0 – Urfist Lyon – amarois CC-BY-NC-SA 2011

Gérer sa bibliographie ?
● S'organiser
● Capitaliser

● Privilégier le fond sur la forme

● Partager des références

● Commenter, annoter, collaborer ?

● Découvrir de nouveaux travaux ?


Beaucoup d'outils dédiés


Besoins classiques...et émergents

Progressivement, les
outils dévolues au travail
bibliographique intègrent
les possibilités découlant
de l'omniprésence du
réseau pour répondre
-ou devancer – les
pratiques des chercheurs
La dimension du partage
n'est pas nouvelle; c'est
un besoin qui remonte
aux origines de la
science moderne. Le
web est né de ce besoin

sur une idée originale de Martin Fenner

Mendeley selon Mendeley

http://www.mendeley.com/compare-mendeley/

Penser à vos arrières...
S'assurer de pouvoir
passer à un autre outil
(fonction d'export, formats,
etc..) sans trop de pertes

Veiller, suivre l'actualité des
outils/services utilisés pour
anticiper


Mendeley ?
● Logiciel à installer (« desktop »)+ service en ligne
(http://www.mendeley.com)
● Windows + Mac + Linux + (iOS, Androïd)

● Modèle de Last.fm (partage de musique)

● Version 1.0 depuis juillet 2011!

● gratuit, mais...

●...business model en évolution, mais...

●... « what is free now will remain free »

● Société basée à Londres


Mendeley : contexte


Mendeley : contexte ?


Mendeley : social Ref. Manag.

Mendeley, gestion de référence 2.0 – Urfist Lyon – amarois CC-BY-SA 2011

« What’s relevant to me….right now ? »
Hoyt, 2009

text-based recommendations -
ontologies based recommendations -
cross-disciplinary text-mining analysis -
real-time knowledge -

+
- citations = links between
« What we are missing is the publications (« Google»)
long-tail of relevance ». - collaborative filtering (« Amazon»)

+
- informal chatting with colleagues « Aligning textual elements
- journal clubs from articles from different
- conferences
subject area »
- seminars
- daily/weekly literature review
- specialty blogs


Mendeley et vos données
Vos données restent
les votres

Mendeley est une société basée à
Londres. Elle s'engage pourtant à
traiter les données personnelles en
conformité avec le Safe Harbor
http://www.mendeley.com/privacy/

Mendeley, gestion de référence 2.0 – Urfist Lyon – amarois CC-BY-SA 2011

Rendez-vous sur Mendeley.com
et créez un compte

Téléchargement : option 1

Par défaut, téléchargement suite à l'initialisation d'un compte


Téléchargement : option 2

Il est aussi possible de
télécharger l'outil sans
créer de compte à priori

Mendeley est disponible sur
de nombreuses plateformes


Installation : les plugins MS Word et OpenOffice
Les plugins MS Word ou Ooo
permettent l'insertion aisée de
citations durant la rédaction
d'un texte. A installer depuis
le desktop

Compatibilité OpenOffice
Compatibilité word
2003 – 2007 - 2010


Vue d'ensemble de l'interface « desktop »
Barre d'outils Moteur de recherche

Collections, corbeille

Liste des références

Filtres (auteurs, journaux,
tag, mots clés auteur
Détails, tags, liens,
annotations,


Vue d'ensemble de l'interface « web »
Tableau de bord (newsfeed) Messages et notifications
Bibliothèque de références
Catalogue général Compte, réglages de
Groupes confidentialité
Réseau et contacts

Recherche dans Mendeley
Outils et actions

Collections (arborescence) Recherche dans sa
bibliothèque

Groupes Références, éditables

Envoie de document
Filtres (revues, auteurs,etc.) par email

Tags des références
de votre bibliothèque

Tags des références
de vos groupes

Créer sa bibliothèque de références

Ajouter des références : via Mendeley Desktop

Différentes stratégies :
● Ajout d'un document ou d'un répertoire de documents
● « Watch a folder », pour l'import automatique de PDF
● Ajout de références au format EndNote, BibTeX, RIS, etc.

Ajout par « glisser-déposer » de fichiers PDF,
dossier contenant plusieurs fichiers,...

...et Mendeley extraira les descriptions du document
PDF automatiquement


Ajouter des références : utiliser l'import web
1

Un simple lien placé dans la barre d'adresse
permet d'importer directement des résultats
de recherche à partir des sites compatibles 2

Choisir les références dans la fenêtre
dédiée, annoter, ajouter des tag

Remarque : les PDF des articles
ne seront pas téléchargés


Import web : installation et compatibilité
http://www.mendeley.com/import

Compatible avec Firefox, Chrome, Safari, Internet Explorer...

Les principales sources d'information scientifique


Synchronisation de sa bibliothèque de références

Synchronisez votre bibliothèque Mendeley
Dekstop avec votre compte en ligne

Gestion et édition en ligne de vos références


Si vous disposez d'un lot de fichiers PDF
1
Indiquez le dossier à
importer contenant les PDF

3 Mendeley va chercher les informations décrivant
les documents dans les bases de données
2 d'information scientifique

L'importation se déroule automatiquement et les références
correspondant aux documents PDF apparaissent


Depuis un autre logiciel : laissez vous guider


Si vous venez de EndNote (ou d'ailleurs)
1

Sélectionner les références à exporter

Exporter en Xml, ou .txt avec le style RefMan(RIS)

2 Dans Mendeley, choisir le format d'import
RIS ou EndNote Xml suivant le format
d'export EndNote

De la même manière, Mendeley peut
importer des listes de références aux
formats BibTeX, Zotero.sqlite, OVID,...


Si vous utilisez Zotero
1

Activez l'intégration avec Zotero

2
Ouvrez la fenêtre des options

Mendeley lit la base Zotero et importe
les références + fichiers
A noter :
- pas de vraie synchro (que de Zotero
vers Mendeley)
- si réf. Zotero dans plusieurs dossiers
=> doublons dans Mendeley
- sur le web, dossiers « Zotero -... »


Gérer sa bibliothèque de références

Des fonctions de gestion simples et utiles
Collection créées par défaut :
●Toutes les références

●Ajouts récents Triez rapidement vos listes en
●Mes favoris cliquant sur les en-têtes de colonne
●Références à vérifier

●Mes publications

●Publications non classées

Affichez le PDF attaché à
la référence pour lecture
Créez vos propres collections

Les références peuvent être marquées
comme « à lire », « lues », « favorites »

Filtrez vos listes de références
Désambiguïsez (par glisser-
déposer)


Recherche : incrémentielle et suggestion
Recherche dans les références et
les PDF de toutes les collections

Suggestion de termes au
court de la frappe

Mise à jour de la liste de Mise en contexte et surlignage
résultat au cour de la frappe des termes recherchés


Utilisation avancée du moteur de recherche

champs:terme à rechercher

Champs disponibles :
● author, by, contributor, name

● keyword

● publication

● tag

● Title

Opérateurs booléens :
● AND (défaut)

● OR

● « - » (= NOT)

http://www.mendeley.com/faq/#advanced-search

Exemples :
● author:harnad title:« open access »
● keyword:Bacteria publication:nature
● tag:tools notes: « à relire »


PDF : lecteur intégré + et recherche de mots-clés

Outils d'exploitation avancée : notes,
surlignage manuel, lecture plein écran, etc.

Ouverture des PDF
dans des onglet dédiés

Surbrillance du terme recherché dans le PDF


PDF : surlignez et annotez vos documents

Notes générales (à rechercher
via « notes: »)
Annotation (avec auteur et date)

Listes des annotations avec leurs
liens pour une navigation aisée,
leur auteur, leur date

Passage surligné manuellement


Classez et renommez automatiquement vos fichiers
Tools > Option > File Organizer

L'outil de gestion des fichiers et ses options

Classement et nommage paramétrables


Vos fichiers (pdf, etc), restent organisés sur votre PC

PDF (et autres fichiers) joints renommés

Fichiers organisés automatiquement
en arborescence selon les critères
choisis


Prenez soin de vos métadonnées : homogénéisation
des noms de journaux, auteurs, tag, etc.

2

Mendeley modifie automatiquement
les références en conséquence

1 Les entrées d'index peuvent être glissées-déposées les
unes sur les autres pour homogénéiser leurs valeurs

Passage surligné manuellement


Prenez soin de vos métadonnées : « needs review »
et « find duplicates »
Validez ou non les
détails des références

Assistant de dédoublage

Gestion des conflits :
chaque champ peut être
édité ou choisi pour la
fusion

Toutes les réf. Non
validées sont
regroupées dans le
répertoire « Needs
reviews »


Citer en utilisant ses références

Citer dans MS Word et OpenOffice 1/2
Cliquer sur « Insert Citation dans la
barre d'outil Mendeley de Word
2

Chercher la citation à insérer
dans l'assistant qui s'ouvre
1 et valider., ou...

3
Placer son curseur à l'emplacement de
l'appel de citation dans votre texte

3'
...cliquer sur « Go To Mendeley »...


Citer dans MS Word et OpenOffice 2/2
...et, depuis Mendeley Descktop,
sélectionner une citation puis cliquer
sur « Send Citation to Word ».
4

4'

5

L'appel de citation est intégré au format
choisi à l'emplacement du curseur


Éditer une bibliographie dans Word ou OpenOffice
Choisir un style bibliographique

2
Cliquer sur « insert Bibliography » Vous pouvez changer le style :
le document se met à jour.

Finaliser son texte avec Si des références sont modifiées
tous les appels de citation dans Mendeley, cliquer sur
« Refresh » pour mettre à jour

1

Positionner son curseur à l'endroit
où doit figurer la bibliographie 3

La bibliographie est générée automatiquement


Produire une simple liste de références formatées

Sélectionnez des références
La liste est au format sélectionné
1 dans Mendeley (View > Citation
Style > monstyle)

3

Déplacez les dans votre document (« drag & drop »)

2

Cela fonctionne aussi par copier-coller


Un vaste choix de styles bibliographiques

Ooo Writer : « Other citations
MS Word : « Style » from Mendeley »

De très nombreux styles
disponibles à installer
Recherchez et
sélectionnez un style Les mises à jour
de styles vous
sont indiquées


Utiliser LaTeX / BibTeX : options de
synchronisation de la bibliothèque de références

Tools > Options > BibTeX
Prise en compte de caractères spéciaux

Mise à jour automatique du fichier .bib

Un ou plusieurs fichiers. On peut
imaginer le mettre sur un dossier
Clés BibTeX éditables si besoin partagé...
référence par référence


Partager, collaborer, s'intégrer à une communauté
en gérant son identité numérique

Créer un groupe
Gréer un groupe permet de partager
des références, de diffuser une liste
commune de références, de
collaborer autour de ces références

Créez un groupe depuis le
Descktop ou en ligne; ajoutez une
description, une photo, invitez des
contacts, etc.

Les groupes sont :
- privés (échanges de pdf et annotations)
- publics (ouverts ou sur invitation;
uniquement des références)

Chaque compte « free » peut créer 10
groupes « private » maximum


Suivre l'activité d'un groupe
« What's on your mind ? »

Activés du groupe
(commentaires, « likes »,
ajout de référence

Membres du groupe,
ajouter, inviter, donner
Références du groupe (+ des droits (si vous êtes
fichiers si groupe privé) créateur du groupe)


Partager des références au sein d'un groupe

Déposer des références Chaque compte « free » dispose d'un
par glisser-déposer dans espace de 500 Mo pour ses
vos groupes références + 500 Mo pour ses
groupes. Le créateur/propriétaire d'un
groupe réserve donc une partie de
ses 500 Mo aux références que
Plus simplement : si vous créez 4 chaque autre membre du groupe y
groupes privés, tous les pdf déposés place
dans ces 4 groupes par vous et leurs
membres ne doivent pas dépasser au
total 500 Mo


Travailler collaborativement autour des références

Vous pouvez décidez de synchroniser
ou non les pdf des références groupe
à groupe

Déposer des références
par glisser-déposer dans
vos groupes


Annoter, surligner un pdf, puis exporter un rapport
Chaque membre d'un
groupe peut annoter les
pdf du groupe; les
annotations sont tracées
1
3

2

L'export du pdf +
annotations de l'ensemble
du groupe est possible


Mendeley : un réseau social pour les chercheurs ?

“ We define social network sites as web-
based services that allow individuals to
(1) construct a public or semi-public
profile within a bounded system, (2)
articulate a list of other users with
whom they share a connection, and (3)
view and traverse their list of
connections and those made by others
within the system.
”
Boyd, D.M., et N.B. Ellison. Social network sites: Definition, history, and scholarship.
Journal of Computer-Mediated Communication 13, 2007, 210-230. Available from
world wide web: <http://jcmc.indiana.edu/vol13/issue1/boyd.ellison.html>.


Compléter son profil et sa liste de publications :
l'identité numérique du chercheur

Statistiques sur ce
Liste des publications du chercheur
chercheur, mise à jour via une
collection Mendeley

Contacts du chercheur

Groupes du chercheur
CV du chercheur


Networking sous Mendeley : messages et
notifications

Comme tout réseau social, Mendeley web
intègre un système de notifications permettant
de suivre les interactions des autres membres
avec votre compte (commentaires, dépôt de
références dans un groupe commun, etc)


Réseau social <= paramétrages
L'exposition de chaque bloc d'information
personnelle est paramétrable
- Tout le monde (public)
- Mes contacts
- Seulement moi

Les notifications (envoie de mail ou
dans Mendeley) sont paramétrables.
Chaque groupe peut recevoir des
réglage sspécifiques


Valoriser son travail bibliographique
Promouvoir son expertise
Un assistant permet de générer
un widget (code) ou un badge
(image) à insérer dans votre site
web ou dans une signature de
mail par exemple

Inclure un bouton vers son profil
dans sa signature de courriel ou
Widget : créez par simple copier- sur son blog de chercheur
coller du code une liste de publication
mise à jour automatiquement

Alain Marois - 27/04/2010

Trouver de l'aide

http://www.mendeley.com/getting-started/

Participer, suivre l'évolution

Suggérez
Suivre les mises à jour

Votez

Etat

Commentez


Mendeley : une communauté dynamique

Avril 2010

Sept. 2011


Mobilité : vos références biblio dans la poche ?

Vos références sur iOS : iPad, iPod, iPhone


Vos références sur android 1/2

http://www.mendeley.com/blog/tipstricks/android-on-mendeley-an-app-guide/


Vos références sur android 2/2


Usages avancés : styles bibliographiques,
abréviations, API, OpenURL

Abréviations des titres de revues
1

2

Créez un fichier default.txt
structuré :
Titre complet TAB Titre abbré
Exemple de fichier :
http://tinyurl.com/6x256d7

Créez un dossier journalAbbreviations
dans le répertoire local (le chemin
peut varier selon l'OS) 3

Si le style bibliographique spécifie la
forme « short » pour « container-
title », les abréviations seront utilisées
(ici, exemple avec Vancouver.csl)


Création de styles, adaptations

Mendeley dispose de nombreux styles disponibles. Il
respectent le format CSL 1.0 (Citation Style Language)
Nombre de ces styles ont été adpatés du répertoire de
styles de Zotero.org

Tout style est éditable en
respectant le standard CSL,
avec un simple éditeur de texte

http://www.mendeley.com/citationstyles/

Tous les fichiers CSL des styles installés
sont dans le dossier citationStyles-1.0
- dans Local Settings pour les nouveaux
styles installés (Windows XP)
- dans Program Files pour les styles par
défaut (Windows XP)

Mendeley et Open URL
Accédez directement au texte
intégral des articles de revues
auxquelles votre bibliothèque est
abonnée, à partir du catalogue de
Mendeley

https://www.mendeley.com/account/import/


Mendeley Open API

Mendeley permet l'utilisation d'une
partie des données bibliographiques
générées par les utilisateurs via une API
(Application Programming Interface)

Cela permet la création
d'application tierces basées sur
Mendeley et étendant ses
fonctionnalités

« The Mendeley API opens up a database
of over 70 million research papers, usage
statistics, reader demographics, social tags,
and related research recommendations. »
http://dev.mendeley.com/

Mendeley Open API : un exemple d'application
Un outil d'analyse bibliométrique
basé sur l'API de Mendeley

http://readermeter.org/

« ReaderMeter is a proof-of-concept
application showcasing the potential of
readership data obtained from reference
management tools. »
Dario Taraborelli, 2010

Partage avec d'autres services en ligne

Les utilisateurs de twitter peuvent
disséminer automatiquement leur
activité depuis Mendeley

Les utilisateurs de CiteUlike peuvent
continuer à utiliser le bookmarklet de
CiteUlike et synchroniser (sens
unique) leurs références avec
Mendeley


Questions ?
Alain Marois
04.72.18.64.50
alain.marois@ec-lyon.fr

Ressources !
● Hull, Duncan, Defrosting the Digital Library: A survey of bibliographic tools for the next generation web. [cité 20 Avril 2010]. Disponible sur
le world wide web :
<http://www.slideshare.net/dullhunk/defrosting-the-digital-library-a-survey-of-bibliographic-tools-for-the-next-generation-web>.

Hull, Duncan, Steve R Pettifer, et Douglas B Kell. Defrosting the Digital Library: Bibliographic Tools for the Next Generation Web. PLoS
●

Comput Biol 4, Octobre 2008, e1000204+. Disponible sur le world wide web : <http://dx.doi.org/10.1371/journal.pcbi.1000204>
● Mendeley Teaching Presentation [cité 20 Avril 2010]. Disponible sur le world wide web :
<http://www.slideshare.net/luiszz11/mendeley-teaching-presentation>
● Reiswig, Jennifer. Mendeley. 98, Avril 2010, 193-194. PubMed Central Link. [cité 31 Mai 2010]. Disponible sur le world wide web :
<http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2859264/>
● Readwriteweb, Curt Hopkins Of. Mendeley Throws Open the Doors to Academic Data. The New York Times Avril 2010. [cité 31 Mai 2010].
Disponible sur le world wide web :
<http://www.nytimes.com/external/readwriteweb/2010/04/29/29readwriteweb-mendeley-throws-open-the-doors-to-academic-43750.html>
● Henning, Victor, et Jan Reichelt. Mendeley - A Last.fm For Research? Dans eScience, IEEE International Conference on, Vol. 0 of, 327-
328, [Los Alamitos, CA, USA]: IEEE Computer Society, 2008
● H. Zaugg, R. E. West, I. Tateishi, D. L. Randall, and Holt Zaugg, “Mendeley: Creating Communities of Scholarly Inquiry Through Research
Collaboration,” TechTrends, vol. 55, no. 1, pp. 32-36, Jan. 2011.<10.1007/s11528-011-0467-y>
● Hoyt J. « What is relevant to my research right now? | Mendeley Blog ». In : Mendeley Blog [En ligne]. [s.l.] : [s.n.], 2009. Disponible sur le
world wide web : < http://www.mendeley.com/blog/design-research-tools/what%E2%80%99s-relevant-to-me-right-now/ > (consulté le 4
octobre, 2011)

Mendeley : découvrir un outil de partage de références bibliographiques

Recommandé

Recommandé

Contenu connexe

Tendances

Tendances (20)

En vedette

En vedette (20)

Similaire à Mendeley : découvrir un outil de partage de références bibliographiques

Similaire à Mendeley : découvrir un outil de partage de références bibliographiques (20)

Plus de Alain Marois

Plus de Alain Marois (20)

Mendeley : découvrir un outil de partage de références bibliographiques