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2017/04/24(Mon.) AARM@洛和会⾳⽻病院 総合内科
効率的な検索法とPubMedの使い⽅
Efficient search methods and how to use the PubMed
12017/04/24 © 201...
Outline
1. PubMedの概要と検索サイト
2. 論理演算⼦の利⽤と検索例
◦ 論理演算⼦と検索式
◦ 検索式を⽤いた検索の例
3. タグを利⽤した検索
◦ タグの使い⽅
◦ タグを⽤いた検索の例
4. MeSH DatabaseとA...
Outline
1. PubMedの概要と検索サイト
2. 論理演算⼦の利⽤と検索例
◦ 論理演算⼦と検索式
◦ 検索式を⽤いた検索の例
3. タグを利⽤した検索
◦ タグの使い⽅
◦ タグを⽤いた検索の例
4. MeSH DatabaseとA...
PubMed(ぱぶめど)
•世界最⼤の医学・⽣物学の⽂献検索システム
• MEDLINEと呼ばれるデータベースがコア
• 3000万件近い⽂献が登録されている
• ⽇本のCiNii, J-Stage, 医学中央雑誌の⼤きいやつ
提供元
•⽶国国...
PubMedのMain page
2017/04/24 © 2017 TAKANORI HIROE; DEPARTMENT OF BIOSTATISTICS, KYOTO UNIVERSITY SCHOOL OF PUBLIC HEALTH 5...
PubMedの構成
62017/04/24 © 2017 TAKANORI HIROE; DEPARTMENT OF BIOSTATISTICS, KYOTO UNIVERSITY SCHOOL OF PUBLIC HEALTH
MEDLINE...
検索サイト/検索エンジン
72017/04/24 © 2017 TAKANORI HIROE; DEPARTMENT OF BIOSTATISTICS, KYOTO UNIVERSITY SCHOOL OF PUBLIC HEALTH
検索
PubMedと検索サイト
82017/04/24 © 2017 TAKANORI HIROE; DEPARTMENT OF BIOSTATISTICS, KYOTO UNIVERSITY SCHOOL OF PUBLIC HEALTH
司書と⽂献検索
•司書:Librarian
•⽇本と欧⽶では役割が全く違う
• 本来は⾼度専⾨職(少なくとも⼤学院修了程度)
• ⽇本ではほとんどの場合「図書館の⼈」
•レファレンスサービス
• 図書館利⽤者に対する情報/⽂献検索・提供業務
•...
Outline
1. PubMedの概要と検索サイト
2. 論理演算⼦の利⽤と検索例
◦ 論理演算⼦と検索式
◦ 検索式を⽤いた検索の例
3. タグを利⽤した検索
◦ タグの使い⽅
◦ タグを⽤いた検索の例
4. MeSH DatabaseとA...
論理演算⼦の概要
•効率よく検索をするためのコマンド
• メジャーなものから隠しコマンド的なものまで
• 詳細は検索サイトのユーザーズガイドを確認
•⽇々情報(論⽂)は増え続ける
• 根性で上から2000件⾒る?
• ⼤量のデータから効率よく必...
AND検索(論理積)
•指定した語が全て含まれるものを抽出
•連続して出現するものだけとは限らない
•つかいかた
• A AND B
• ⼀部のサービスでは A & B でもOK
• 語の間にスペースを⼊れると⾃動的にAND検索だが…
• Pu...
OR検索(論理和)
•指定した語のいずれかが含まれるものを抽出
•両⽅が含まれる場合も抽出
•つかいかた
• A OR B
• ⼀部のサービスでは A | B でもOK
• e.g. test OR examination
132017/04/...
NOT検索(論理差)
•指定した語が含まれるものを除外して抽出
• AND検索やOR検索と組み合わせて利⽤
• NOTが単独で利⽤されることはほぼない
• 複数のNOTを使ってもよい
•つかいかた
• A NOT B
• ⼀部のサービスでは A...
AND/OR/NOTの併⽤
•特に指定しない場合の優先順位
1. OR
2. AND
3. NOT (AND NOT)
•順位を指定したい場合は( )を⽤いる
• ミスを防ぐために明⽰的に書くことを推奨
• 算数の計算と同じで( )内が優先処理...
検索語としてのAND/OR/NOT
•and, or, notを検索語として扱う場合
• これらが単独で検索対象になることはまずない
• 論⽂のタイトルなどを検索する時に使う
• andなどを含む語を “ “ で囲って検索
(完全⼀致検索;後述...
完全⼀致検索
•フレーズ検索と表現されることもある
•AND検索より条件が厳しい
• 当該フレーズが含まれるもののみ抽出
• 間に他の語や⽂があるものは抽出されない
• PubMedでスペースを使うと勝⼿になることも
•原則は ” “ で単語を...
前⽅⼀致検索
•中間・後⽅とあわせて「あいまい検索」とも
• * を使う
• *より前にある⽂字列が⼀致する語を抽出
1. 語形・語尾の変化に対応する場合
◦ e.g. cardio*
2. なんとなく覚えているものを調べる場合
• 論⽂名や著...
中間⼀致検索
•PubMedでは利⽤不可
•どこかに当該⽂字列を含むものを抽出
• e.g. *et*
•データベースを使いこなす⼈でなければ,
使うことは滅多にないかもしれない
192017/04/24 © 2017 TAKANORI HIR...
後⽅⼀致検索
•PubMedでは利⽤不可
•前⽅⼀致検索の逆
•〜istか〜ianのどちらが多いか…とか?
• e.g. *ist, *ian
•⾝元不明の場合に事務員さんが使っているかも
• 電⼦カルテ・レセコンの検索は本気出してない
• 実...
その他の検索での注意点
•α,βは alpha, betaと⼊⼒
• 2010年9⽉以降のデータはギリシャ⽂字に対応
•ローマ数字は全て⼩⽂字
• Ⅰ,Ⅱはⅰ,ⅱとする
•-(ハイフン)はスペースに変換
• 後述のタグで⽤いる場合を除く
• ?...
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1. PubMedの概要と検索サイト
2. 論理演算⼦の利⽤と検索例
◦ 論理演算⼦と検索式
◦ 検索式を⽤いた検索の例
3. タグを利⽤した検索
◦ タグの使い⽅
◦ タグを⽤いた検索の例
4. MeSH DatabaseとA...
タグ
•情報の属性や種類を指定するための語
• より詳細な検索と絞り込みが可能
• 著者名,雑誌名,発⾏年,⾔語 etc.
• タグが整備されていることが前提
• MEDLINE収載のものについては問題ない
•予めフォーマットが定められている
...
PubMedの検索⽤タグ⼀覧
242017/04/24 © 2017 TAKANORI HIROE; DEPARTMENT OF BIOSTATISTICS, KYOTO UNIVERSITY SCHOOL OF PUBLIC HEALTH
引...
[AD]
•Affiliation
•(First)Authorの所属または住所の情報
• 原著に筆頭著者の情報がある場合に限る
•e.g. rakuwakai[AD]
kyoto[AD]
252017/04/24 © 2017 TAKANOR...
[AU]関連
•Author
• [1AU]はFirst Author
• [FAU]は全員(2002年以降;掲載者のみ)
• [LASTAU]はLast Author
•原則として「名+性のイニシャル」
• ⽇本⼈の場合は逆も多いので両⽅で探...
書籍関連
•[BOOK]
• 書籍名[BOOK]で検索
•[EDITOR]
• 書籍の編集者名で検索したい場合
•[ISBN]
• ISBNで検索したい場合
272017/04/24 © 2017 TAKANORI HIROE; DEPARTM...
[DP]
•Publication Date
• 特定の年,⽉,⽇または期間を指定可能
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“last 5 year”[DP]
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[LA]
•⾔語を指定
• ⽇本語の⽂献も⼀部検索対象になっている
• いくつある?
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• 英語抄録+⽇本語本⽂
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[PT]
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/table/pubmedhelp.T.publication_types/?report
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[SB]
•フルテキストにアクセス可能なものを指定
•free full text[SB]
• 無料のフルテキストへのリンクがあるもの
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• フルテキストへのリンクがあるもの
312017/04/24 © 2017 ...
[TA]
•Journal Title
•正式名称
• e.g.	The	New	England	journal	of	medicine[TA]
•略称
• e.g. N	Engl J	Med[TA]
•ISSN
• e.g.	1533-440...
google検索のはなし
•Google Scholarも割と流⾏っているので
•site:
• 検索するサイトまたはドメインを指定する
• site:youtube.com ならYouTube内
• site:.go.jp なら⽇本の政府機関...
ドメインの種類と⽤途
ドメイン(TLD, SLD) 主な用途
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.go.jp 日本政府
.co.jp 日本で登記されている法人
.or.jp 財団法人・社団法...
こんなのもある
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SCI-HUB
•おかねのないけんきゅうしゃのために
• (本当はもっと崇⾼な⽬的があるのですが)
•http://sci-hub.ac/
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PMID/DOI
•PMID: PubMed Unique Identifier
•doi: Digital Object Identifier
372017/04/24 © 2017 TAKANORI HIROE; DEPARTMENT OF...
Outline
1. PubMedの概要と検索サイト
2. 論理演算⼦の利⽤と検索例
◦ 論理演算⼦と検索式
◦ 検索式を⽤いた検索の例
3. タグを利⽤した検索
◦ タグの使い⽅
◦ タグを⽤いた検索の例
4. MeSH DatabaseとA...
MeSH
•検索は基本的にはタイトル・抄録・本⽂から⾏う
•医学論⽂に限らず,科学論⽂は表記がバラバラ
• cancers
• neoplasms
• tumors
•検索には不便なことも(DBとしては致命的)
• Medical Subjec...
MeSHを⽤いた各種検索
1. ふつうに検索
「マッピング」とも呼ばれる作業
⼊⼒された語をヒントにMeSH語を割り当てて検索
特別な意識をせずに利⽤可能だが,意図しない結果になることも
2. [MH], [MAJR]タグを⽤いた検索
「MeS...
[MH], [MAJR]タグ
•MeSH検索のためのタグ
• ⼤きく分けて2種類ある
•[MH]
• 10〜20語付与されるMeSH全てを検索
•[MAJR]
• 付与されたMeSHのMajor Topic(2〜3語)のみを
対象に検索
412...
MeSH Database(1/6)
•MeSHの候補となる語をみつける
•メニューから「MeSH」を選択して病名などで検索
• 今回は fibromyalgia;線維筋痛症を例にしてみる
422017/04/24 © 2017 TAKANOR...
MeSH Database(2/6)
•検索結果
432017/04/24 © 2017 TAKANORI HIROE; DEPARTMENT OF BIOSTATISTICS, KYOTO UNIVERSITY SCHOOL OF PUBLI...
MeSH Database(3/6)
442017/04/24 © 2017 TAKANORI HIROE; DEPARTMENT OF BIOSTATISTICS, KYOTO UNIVERSITY SCHOOL OF PUBLIC HEAL...
MeSH Database(4/6)
•MeSHは階層構造(単純な⽊ではない)
452017/04/24 © 2017 TAKANORI HIROE; DEPARTMENT OF BIOSTATISTICS, KYOTO UNIVERSITY ...
MeSH Database(5/6)
462017/04/24 © 2017 TAKANORI HIROE; DEPARTMENT OF BIOSTATISTICS, KYOTO UNIVERSITY SCHOOL OF PUBLIC HEAL...
MeSH Database(6/6)
472017/04/24 © 2017 TAKANORI HIROE; DEPARTMENT OF BIOSTATISTICS, KYOTO UNIVERSITY SCHOOL OF PUBLIC HEAL...
Advanced Search Builder
2017/04/24 © 2017 TAKANORI HIROE; DEPARTMENT OF BIOSTATISTICS, KYOTO UNIVERSITY SCHOOL OF PUBLIC H...
履歴が残る(⼀定時間)
•検索語・件数など
492017/04/24 © 2017 TAKANORI HIROE; DEPARTMENT OF BIOSTATISTICS, KYOTO UNIVERSITY SCHOOL OF PUBLIC H...
履歴を使った検索
•番号で指定可能(全て使わなくてよい)
502017/04/24 © 2017 TAKANORI HIROE; DEPARTMENT OF BIOSTATISTICS, KYOTO UNIVERSITY SCHOOL OF P...
検索結果
•ちゃんと出る
512017/04/24 © 2017 TAKANORI HIROE; DEPARTMENT OF BIOSTATISTICS, KYOTO UNIVERSITY SCHOOL OF PUBLIC HEALTH
My NCBI
•履歴などが⾃動的に残るので登録すると便利
522017/04/24 © 2017 TAKANORI HIROE; DEPARTMENT OF BIOSTATISTICS, KYOTO UNIVERSITY SCHOOL OF ...
今⽇のまとめ
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20170424_PubMedの使い方@洛和会音羽病院

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24/Apr/2017 1730-1900 JST
洛和会音羽病院総合内科 AARM
Department of General Internal Medicine, Rakuwakai Otowa Hospital, Kyoto, JAPAN
「効率的な検索法とPubMedの使い方」
"Efficient serach methods and how to use the PubMed"

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20170424_PubMedの使い方@洛和会音羽病院

  1. 1. 2017/04/24(Mon.) AARM@洛和会⾳⽻病院 総合内科 効率的な検索法とPubMedの使い⽅ Efficient search methods and how to use the PubMed 12017/04/24 © 2017 TAKANORI HIROE; DEPARTMENT OF BIOSTATISTICS, KYOTO UNIVERSITY SCHOOL OF PUBLIC HEALTH 京都⼤学⼤学院 医学研究科 Kyoto University Graduate School of Medicine 医療統計学分野 / 医学教育・国際化推進センター Department of Biostatistics / Center for Medical Education 洛和会⾳⽻病院総合内科 臨床研究指導者(⾮常勤) 廣江 貴則 Takanori Hiroe(t-hiroe[at]umin.ac.jp)
  2. 2. Outline 1. PubMedの概要と検索サイト 2. 論理演算⼦の利⽤と検索例 ◦ 論理演算⼦と検索式 ◦ 検索式を⽤いた検索の例 3. タグを利⽤した検索 ◦ タグの使い⽅ ◦ タグを⽤いた検索の例 4. MeSH DatabaseとAdvanced Search Builder 2017/04/24 © 2017 TAKANORI HIROE; DEPARTMENT OF BIOSTATISTICS, KYOTO UNIVERSITY SCHOOL OF PUBLIC HEALTH 2
  3. 3. Outline 1. PubMedの概要と検索サイト 2. 論理演算⼦の利⽤と検索例 ◦ 論理演算⼦と検索式 ◦ 検索式を⽤いた検索の例 3. タグを利⽤した検索 ◦ タグの使い⽅ ◦ タグを⽤いた検索の例 4. MeSH DatabaseとAdvanced Search Builder 2017/04/24 © 2017 TAKANORI HIROE; DEPARTMENT OF BIOSTATISTICS, KYOTO UNIVERSITY SCHOOL OF PUBLIC HEALTH 3
  4. 4. PubMed(ぱぶめど) •世界最⼤の医学・⽣物学の⽂献検索システム • MEDLINEと呼ばれるデータベースがコア • 3000万件近い⽂献が登録されている • ⽇本のCiNii, J-Stage, 医学中央雑誌の⼤きいやつ 提供元 •⽶国国⽴医学図書館・国⽴⽣物科学情報センター • National Center for Biotechnology Information • PubMed以外にも塩基配列の情報なども無償提供 • PubMedとジャズは⽶国から⼈類への最⼤の贈り物 2017/04/24 © 2017 TAKANORI HIROE; DEPARTMENT OF BIOSTATISTICS, KYOTO UNIVERSITY SCHOOL OF PUBLIC HEALTH 4
  5. 5. PubMedのMain page 2017/04/24 © 2017 TAKANORI HIROE; DEPARTMENT OF BIOSTATISTICS, KYOTO UNIVERSITY SCHOOL OF PUBLIC HEALTH 5 検索窓 Advanced Search Builder
  6. 6. PubMedの構成 62017/04/24 © 2017 TAKANORI HIROE; DEPARTMENT OF BIOSTATISTICS, KYOTO UNIVERSITY SCHOOL OF PUBLIC HEALTH MEDLINE(1946〜) Old MEDLINE(〜1945) Non MEDLINE こちらがメイン MeSH(後述)付与 出版社から提供された情報で MEDLINEに載らないもの or 準備中のもの 随時更新 約6000誌,9割以上が英語 (実は他の言語もある) 平日更新
  7. 7. 検索サイト/検索エンジン 72017/04/24 © 2017 TAKANORI HIROE; DEPARTMENT OF BIOSTATISTICS, KYOTO UNIVERSITY SCHOOL OF PUBLIC HEALTH 検索
  8. 8. PubMedと検索サイト 82017/04/24 © 2017 TAKANORI HIROE; DEPARTMENT OF BIOSTATISTICS, KYOTO UNIVERSITY SCHOOL OF PUBLIC HEALTH
  9. 9. 司書と⽂献検索 •司書:Librarian •⽇本と欧⽶では役割が全く違う • 本来は⾼度専⾨職(少なくとも⼤学院修了程度) • ⽇本ではほとんどの場合「図書館の⼈」 •レファレンスサービス • 図書館利⽤者に対する情報/⽂献検索・提供業務 • 欧⽶の司書にとってはこれが本業に近いことも • ⽇本ではほぼ提供されないので⾃分でやるしかない • 検索の⽅法は⼤学でしっかり教えていない 92017/04/24 © 2017 TAKANORI HIROE; DEPARTMENT OF BIOSTATISTICS, KYOTO UNIVERSITY SCHOOL OF PUBLIC HEALTH
  10. 10. Outline 1. PubMedの概要と検索サイト 2. 論理演算⼦の利⽤と検索例 ◦ 論理演算⼦と検索式 ◦ 検索式を⽤いた検索の例 3. タグを利⽤した検索 ◦ タグの使い⽅ ◦ タグを⽤いた検索の例 4. MeSH DatabaseとAdvanced Search Builder 2017/04/24 © 2017 TAKANORI HIROE; DEPARTMENT OF BIOSTATISTICS, KYOTO UNIVERSITY SCHOOL OF PUBLIC HEALTH 10
  11. 11. 論理演算⼦の概要 •効率よく検索をするためのコマンド • メジャーなものから隠しコマンド的なものまで • 詳細は検索サイトのユーザーズガイドを確認 •⽇々情報(論⽂)は増え続ける • 根性で上から2000件⾒る? • ⼤量のデータから効率よく必要なものを抽出 •全部⾒るにしても,ある程度絞りたい • 今⽇はPubMedを例にいくつか⽅法を紹介 112017/04/24 © 2017 TAKANORI HIROE; DEPARTMENT OF BIOSTATISTICS, KYOTO UNIVERSITY SCHOOL OF PUBLIC HEALTH
  12. 12. AND検索(論理積) •指定した語が全て含まれるものを抽出 •連続して出現するものだけとは限らない •つかいかた • A AND B • ⼀部のサービスでは A & B でもOK • 語の間にスペースを⼊れると⾃動的にAND検索だが… • PubMedの場合,よくある語は完全⼀致(フレーズ)検索になる • どれがフレーズ認識されるかされないか実はよく知らない • e.g. vaccine AND immunity 122017/04/24 © 2017 TAKANORI HIROE; DEPARTMENT OF BIOSTATISTICS, KYOTO UNIVERSITY SCHOOL OF PUBLIC HEALTH A B
  13. 13. OR検索(論理和) •指定した語のいずれかが含まれるものを抽出 •両⽅が含まれる場合も抽出 •つかいかた • A OR B • ⼀部のサービスでは A | B でもOK • e.g. test OR examination 132017/04/24 © 2017 TAKANORI HIROE; DEPARTMENT OF BIOSTATISTICS, KYOTO UNIVERSITY SCHOOL OF PUBLIC HEALTH A B
  14. 14. NOT検索(論理差) •指定した語が含まれるものを除外して抽出 • AND検索やOR検索と組み合わせて利⽤ • NOTが単独で利⽤されることはほぼない • 複数のNOTを使ってもよい •つかいかた • A NOT B • ⼀部のサービスでは A –B でもOK • AND NOTと⼊⼒する必要がある場合もある • e.g. injury NOT infant NOT child 142017/04/24 © 2017 TAKANORI HIROE; DEPARTMENT OF BIOSTATISTICS, KYOTO UNIVERSITY SCHOOL OF PUBLIC HEALTH A B
  15. 15. AND/OR/NOTの併⽤ •特に指定しない場合の優先順位 1. OR 2. AND 3. NOT (AND NOT) •順位を指定したい場合は( )を⽤いる • ミスを防ぐために明⽰的に書くことを推奨 • 算数の計算と同じで( )内が優先処理される • e.g. ((A AND B) OR C) NOT D AかつB,またはCのうち,Dを含まないもの 152017/04/24 © 2017 TAKANORI HIROE; DEPARTMENT OF BIOSTATISTICS, KYOTO UNIVERSITY SCHOOL OF PUBLIC HEALTH
  16. 16. 検索語としてのAND/OR/NOT •and, or, notを検索語として扱う場合 • これらが単独で検索対象になることはまずない • 論⽂のタイトルなどを検索する時に使う • andなどを含む語を “ “ で囲って検索 (完全⼀致検索;後述) • 論理演算⼦と組み合わせて利⽤可能 •つかいかた • ”obstetrics and gynecology” OR OBGYN 162017/04/24 © 2017 TAKANORI HIROE; DEPARTMENT OF BIOSTATISTICS, KYOTO UNIVERSITY SCHOOL OF PUBLIC HEALTH
  17. 17. 完全⼀致検索 •フレーズ検索と表現されることもある •AND検索より条件が厳しい • 当該フレーズが含まれるもののみ抽出 • 間に他の語や⽂があるものは抽出されない • PubMedでスペースを使うと勝⼿になることも •原則は ” “ で単語を括って検索 • 検索式を提⽰する場合は “ “ で括って表記 • e.g. “head injury” NOT infant 172017/04/24 © 2017 TAKANORI HIROE; DEPARTMENT OF BIOSTATISTICS, KYOTO UNIVERSITY SCHOOL OF PUBLIC HEALTH
  18. 18. 前⽅⼀致検索 •中間・後⽅とあわせて「あいまい検索」とも • * を使う • *より前にある⽂字列が⼀致する語を抽出 1. 語形・語尾の変化に対応する場合 ◦ e.g. cardio* 2. なんとなく覚えているものを調べる場合 • 論⽂名や著者名など • 前半の⼀部が分かっていれば検索可能 182017/04/24 © 2017 TAKANORI HIROE; DEPARTMENT OF BIOSTATISTICS, KYOTO UNIVERSITY SCHOOL OF PUBLIC HEALTH
  19. 19. 中間⼀致検索 •PubMedでは利⽤不可 •どこかに当該⽂字列を含むものを抽出 • e.g. *et* •データベースを使いこなす⼈でなければ, 使うことは滅多にないかもしれない 192017/04/24 © 2017 TAKANORI HIROE; DEPARTMENT OF BIOSTATISTICS, KYOTO UNIVERSITY SCHOOL OF PUBLIC HEALTH
  20. 20. 後⽅⼀致検索 •PubMedでは利⽤不可 •前⽅⼀致検索の逆 •〜istか〜ianのどちらが多いか…とか? • e.g. *ist, *ian •⾝元不明の場合に事務員さんが使っているかも • 電⼦カルテ・レセコンの検索は本気出してない • 実はもっと複雑な検索も可能だったり… 202017/04/24 © 2017 TAKANORI HIROE; DEPARTMENT OF BIOSTATISTICS, KYOTO UNIVERSITY SCHOOL OF PUBLIC HEALTH
  21. 21. その他の検索での注意点 •α,βは alpha, betaと⼊⼒ • 2010年9⽉以降のデータはギリシャ⽂字に対応 •ローマ数字は全て⼩⽂字 • Ⅰ,Ⅱはⅰ,ⅱとする •-(ハイフン)はスペースに変換 • 後述のタグで⽤いる場合を除く • ?や%は省略して⼊⼒ •温度は37℃ではなく 37 degrees C とする 212017/04/24 © 2017 TAKANORI HIROE; DEPARTMENT OF BIOSTATISTICS, KYOTO UNIVERSITY SCHOOL OF PUBLIC HEALTH
  22. 22. Outline 1. PubMedの概要と検索サイト 2. 論理演算⼦の利⽤と検索例 ◦ 論理演算⼦と検索式 ◦ 検索式を⽤いた検索の例 3. タグを利⽤した検索 ◦ タグの使い⽅ ◦ タグを⽤いた検索の例 4. MeSH DatabaseとAdvanced Search Builder 2017/04/24 © 2017 TAKANORI HIROE; DEPARTMENT OF BIOSTATISTICS, KYOTO UNIVERSITY SCHOOL OF PUBLIC HEALTH 22
  23. 23. タグ •情報の属性や種類を指定するための語 • より詳細な検索と絞り込みが可能 • 著者名,雑誌名,発⾏年,⾔語 etc. • タグが整備されていることが前提 • MEDLINE収載のものについては問題ない •予めフォーマットが定められている • 検索サイトによって記述⽅式が異なることも • ユーザーズガイドに⼤抵は書いてある 232017/04/24 © 2017 TAKANORI HIROE; DEPARTMENT OF BIOSTATISTICS, KYOTO UNIVERSITY SCHOOL OF PUBLIC HEALTH
  24. 24. PubMedの検索⽤タグ⼀覧 242017/04/24 © 2017 TAKANORI HIROE; DEPARTMENT OF BIOSTATISTICS, KYOTO UNIVERSITY SCHOOL OF PUBLIC HEALTH 引用:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK3827/#pubmedhelp.How_do_I_search_PubMed
  25. 25. [AD] •Affiliation •(First)Authorの所属または住所の情報 • 原著に筆頭著者の情報がある場合に限る •e.g. rakuwakai[AD] kyoto[AD] 252017/04/24 © 2017 TAKANORI HIROE; DEPARTMENT OF BIOSTATISTICS, KYOTO UNIVERSITY SCHOOL OF PUBLIC HEALTH
  26. 26. [AU]関連 •Author • [1AU]はFirst Author • [FAU]は全員(2002年以降;掲載者のみ) • [LASTAU]はLast Author •原則として「名+性のイニシャル」 • ⽇本⼈の場合は逆も多いので両⽅で探す •e.g. kamiya t[AU] toru k[1AU] 262017/04/24 © 2017 TAKANORI HIROE; DEPARTMENT OF BIOSTATISTICS, KYOTO UNIVERSITY SCHOOL OF PUBLIC HEALTH
  27. 27. 書籍関連 •[BOOK] • 書籍名[BOOK]で検索 •[EDITOR] • 書籍の編集者名で検索したい場合 •[ISBN] • ISBNで検索したい場合 272017/04/24 © 2017 TAKANORI HIROE; DEPARTMENT OF BIOSTATISTICS, KYOTO UNIVERSITY SCHOOL OF PUBLIC HEALTH
  28. 28. [DP] •Publication Date • 特定の年,⽉,⽇または期間を指定可能 • yyyy/mm/dd[DP] •e.g. 2015[DP] 2010/01:2013/12[DP] “last 5 year”[DP] (days, monthsもOK) 282017/04/24 © 2017 TAKANORI HIROE; DEPARTMENT OF BIOSTATISTICS, KYOTO UNIVERSITY SCHOOL OF PUBLIC HEALTH
  29. 29. [LA] •⾔語を指定 • ⽇本語の⽂献も⼀部検索対象になっている • いくつある? •jpn[LA] • 英語抄録+⽇本語本⽂ 292017/04/24 © 2017 TAKANORI HIROE; DEPARTMENT OF BIOSTATISTICS, KYOTO UNIVERSITY SCHOOL OF PUBLIC HEALTH
  30. 30. [PT] •Publication Type • https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK3827 /table/pubmedhelp.T.publication_types/?report =objectonly •⼀部抜粋(使いそうなもの;これに[PT]を付加) 302017/04/24 © 2017 TAKANORI HIROE; DEPARTMENT OF BIOSTATISTICS, KYOTO UNIVERSITY SCHOOL OF PUBLIC HEALTH Case Reports Clinical Study Clinical Trial Clinical Trial, Phase I Clinical Trial, Phase II Clinical Trial, Phase III Clinical Trial, Phase IV Comparative Study Dataset Editorial Guideline Letter Meta-Analysis Multicenter Study Observational Study Practice Guideline Pragmatic Clinical Trial Randomized Controlled Trial Review Technical Report
  31. 31. [SB] •フルテキストにアクセス可能なものを指定 •free full text[SB] • 無料のフルテキストへのリンクがあるもの •full text[SB] • フルテキストへのリンクがあるもの 312017/04/24 © 2017 TAKANORI HIROE; DEPARTMENT OF BIOSTATISTICS, KYOTO UNIVERSITY SCHOOL OF PUBLIC HEALTH
  32. 32. [TA] •Journal Title •正式名称 • e.g. The New England journal of medicine[TA] •略称 • e.g. N Engl J Med[TA] •ISSN • e.g. 1533-4406[TA] 322017/04/24 © 2017 TAKANORI HIROE; DEPARTMENT OF BIOSTATISTICS, KYOTO UNIVERSITY SCHOOL OF PUBLIC HEALTH
  33. 33. google検索のはなし •Google Scholarも割と流⾏っているので •site: • 検索するサイトまたはドメインを指定する • site:youtube.com ならYouTube内 • site:.go.jp なら⽇本の政府機関のサイト内 •filetype: • 検索するファイルの種類(拡張⼦)を指定 • filetype:pdf • xlsx, docx, pptx, jpg, png, csv, mpg etc. • 論⽂名/著者名と組み合わせると便利 332017/04/24 © 2017 TAKANORI HIROE; DEPARTMENT OF BIOSTATISTICS, KYOTO UNIVERSITY SCHOOL OF PUBLIC HEALTH
  34. 34. ドメインの種類と⽤途 ドメイン(TLD, SLD) 主な用途 .jp(国別ドメイン)/.gb/.tv/.to etc. 当該国の関係者もしくは法人 .go.jp 日本政府 .co.jp 日本で登記されている法人 .or.jp 財団法人・社団法人・医療法人など .ne.jp ネットワークサービス事業者 .ac.jp / .ed.jp 日本の教育機関・学術研究機関 .edu 主に米国の高等教育機関 .gov 米国の政府機関(.usはほとんどない) .pro 専門職(資格証明が必要) そのほか,.com/.net などは目的や用途を問わず利用可能 342017/04/24 © 2017 TAKANORI HIROE; DEPARTMENT OF BIOSTATISTICS, KYOTO UNIVERSITY SCHOOL OF PUBLIC HEALTH
  35. 35. こんなのもある 352017/04/24 © 2017 TAKANORI HIROE; DEPARTMENT OF BIOSTATISTICS, KYOTO UNIVERSITY SCHOOL OF PUBLIC HEALTH
  36. 36. SCI-HUB •おかねのないけんきゅうしゃのために • (本当はもっと崇⾼な⽬的があるのですが) •http://sci-hub.ac/ 362017/04/24 © 2017 TAKANORI HIROE; DEPARTMENT OF BIOSTATISTICS, KYOTO UNIVERSITY SCHOOL OF PUBLIC HEALTH
  37. 37. PMID/DOI •PMID: PubMed Unique Identifier •doi: Digital Object Identifier 372017/04/24 © 2017 TAKANORI HIROE; DEPARTMENT OF BIOSTATISTICS, KYOTO UNIVERSITY SCHOOL OF PUBLIC HEALTH PMID/doi は 小さく書いてある
  38. 38. Outline 1. PubMedの概要と検索サイト 2. 論理演算⼦の利⽤と検索例 ◦ 論理演算⼦と検索式 ◦ 検索式を⽤いた検索の例 3. タグを利⽤した検索 ◦ タグの使い⽅ ◦ タグを⽤いた検索の例 4. MeSH DatabaseとAdvanced Search Builder 2017/04/24 © 2017 TAKANORI HIROE; DEPARTMENT OF BIOSTATISTICS, KYOTO UNIVERSITY SCHOOL OF PUBLIC HEALTH 38
  39. 39. MeSH •検索は基本的にはタイトル・抄録・本⽂から⾏う •医学論⽂に限らず,科学論⽂は表記がバラバラ • cancers • neoplasms • tumors •検索には不便なことも(DBとしては致命的) • Medical Subject Headings(統⼀⾒出し語) • 今回の場合は Neoplasms がMeSH語に • MeSH語を⽂献と紐付けてMEDLINEに登録 • 全部で10〜20語,Major Topicがうち2〜3語 392017/04/24 © 2017 TAKANORI HIROE; DEPARTMENT OF BIOSTATISTICS, KYOTO UNIVERSITY SCHOOL OF PUBLIC HEALTH
  40. 40. MeSHを⽤いた各種検索 1. ふつうに検索 「マッピング」とも呼ばれる作業 ⼊⼒された語をヒントにMeSH語を割り当てて検索 特別な意識をせずに利⽤可能だが,意図しない結果になることも 2. [MH], [MAJR]タグを⽤いた検索 「MeSH語を使いますよー」という宣⾔をした検索 意図した通りになる反⾯,MeSH語を知らないと検索ができない 3. MeSH Databaseを⽤いた検索 「べ,べつにMeSHなんて知らないけど,つ,つ,使ってあげてもいいんだからねっ!」 ふつうはキーワードがなんだかわからないことが多い そこで便利なツールがあります 402017/04/24 © 2017 TAKANORI HIROE; DEPARTMENT OF BIOSTATISTICS, KYOTO UNIVERSITY SCHOOL OF PUBLIC HEALTH
  41. 41. [MH], [MAJR]タグ •MeSH検索のためのタグ • ⼤きく分けて2種類ある •[MH] • 10〜20語付与されるMeSH全てを検索 •[MAJR] • 付与されたMeSHのMajor Topic(2〜3語)のみを 対象に検索 412017/04/24 © 2017 TAKANORI HIROE; DEPARTMENT OF BIOSTATISTICS, KYOTO UNIVERSITY SCHOOL OF PUBLIC HEALTH
  42. 42. MeSH Database(1/6) •MeSHの候補となる語をみつける •メニューから「MeSH」を選択して病名などで検索 • 今回は fibromyalgia;線維筋痛症を例にしてみる 422017/04/24 © 2017 TAKANORI HIROE; DEPARTMENT OF BIOSTATISTICS, KYOTO UNIVERSITY SCHOOL OF PUBLIC HEALTH
  43. 43. MeSH Database(2/6) •検索結果 432017/04/24 © 2017 TAKANORI HIROE; DEPARTMENT OF BIOSTATISTICS, KYOTO UNIVERSITY SCHOOL OF PUBLIC HEALTH MeSH語 簡易説明 設定年
  44. 44. MeSH Database(3/6) 442017/04/24 © 2017 TAKANORI HIROE; DEPARTMENT OF BIOSTATISTICS, KYOTO UNIVERSITY SCHOOL OF PUBLIC HEALTH 組み合せる 副次語の選択
  45. 45. MeSH Database(4/6) •MeSHは階層構造(単純な⽊ではない) 452017/04/24 © 2017 TAKANORI HIROE; DEPARTMENT OF BIOSTATISTICS, KYOTO UNIVERSITY SCHOOL OF PUBLIC HEALTH
  46. 46. MeSH Database(5/6) 462017/04/24 © 2017 TAKANORI HIROE; DEPARTMENT OF BIOSTATISTICS, KYOTO UNIVERSITY SCHOOL OF PUBLIC HEALTH Add to Search Builderで検索式が 自動生成されたら “Search PubMed”
  47. 47. MeSH Database(6/6) 472017/04/24 © 2017 TAKANORI HIROE; DEPARTMENT OF BIOSTATISTICS, KYOTO UNIVERSITY SCHOOL OF PUBLIC HEALTH 検索結果を確認
  48. 48. Advanced Search Builder 2017/04/24 © 2017 TAKANORI HIROE; DEPARTMENT OF BIOSTATISTICS, KYOTO UNIVERSITY SCHOOL OF PUBLIC HEALTH 48 Advanced Search Builder
  49. 49. 履歴が残る(⼀定時間) •検索語・件数など 492017/04/24 © 2017 TAKANORI HIROE; DEPARTMENT OF BIOSTATISTICS, KYOTO UNIVERSITY SCHOOL OF PUBLIC HEALTH
  50. 50. 履歴を使った検索 •番号で指定可能(全て使わなくてよい) 502017/04/24 © 2017 TAKANORI HIROE; DEPARTMENT OF BIOSTATISTICS, KYOTO UNIVERSITY SCHOOL OF PUBLIC HEALTH
  51. 51. 検索結果 •ちゃんと出る 512017/04/24 © 2017 TAKANORI HIROE; DEPARTMENT OF BIOSTATISTICS, KYOTO UNIVERSITY SCHOOL OF PUBLIC HEALTH
  52. 52. My NCBI •履歴などが⾃動的に残るので登録すると便利 522017/04/24 © 2017 TAKANORI HIROE; DEPARTMENT OF BIOSTATISTICS, KYOTO UNIVERSITY SCHOOL OF PUBLIC HEALTH
  53. 53. 今⽇のまとめ 532017/04/24 © 2017 TAKANORI HIROE; DEPARTMENT OF BIOSTATISTICS, KYOTO UNIVERSITY SCHOOL OF PUBLIC HEALTH
  • YuiShibata1

    Nov. 30, 2020
  • ShonosukeTajima

    Jul. 7, 2020
  • HerbertusJBertjanGro

    Jun. 25, 2019
  • tamurakaku

    Nov. 9, 2018
  • naottuu

    May. 3, 2017
  • akirayoshida397

    Apr. 29, 2017
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    Apr. 26, 2017
  • ssuser7ba16b

    Apr. 26, 2017
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    Apr. 26, 2017
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    Apr. 26, 2017
  • ikaros2001

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    Apr. 25, 2017
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    Apr. 25, 2017
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    Apr. 25, 2017
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    Apr. 25, 2017
  • KenseiHayashi

    Apr. 25, 2017
  • ssuser35a5c4

    Apr. 25, 2017
  • TakigamiYu

    Apr. 25, 2017
  • m_komatsu

    Apr. 25, 2017
  • KentaroYamamoto4

    Apr. 25, 2017

24/Apr/2017 1730-1900 JST 洛和会音羽病院総合内科 AARM Department of General Internal Medicine, Rakuwakai Otowa Hospital, Kyoto, JAPAN 「効率的な検索法とPubMedの使い方」 "Efficient serach methods and how to use the PubMed"

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